A criação do Grupo foi motivada pelo assassinato do promotor de Justiça de Minas Gerais Francisco José Lins do Rêgo Santos, ocorrido em 25 janeiro de 2002. O promotor de Justiça, na época secretário executivo do Procon-MG, acompanhava as ações da máfia dos combustíveis adulterados.
O crime teve repercussão nacional, e os procuradores-gerais dos Ministérios Públicos do país se reuniram para, de forma articulada, traçar estratégias de combate às organizações criminosas. Dessa forma, ainda em 2002, foi criado o GNCOC.
Em abril de 2013, o Ministério Público realizou uma série de operações simultâneas de combate à corrupção. As ações foram articuladas pelo GNCOC e ocorreram, ao mesmo tempo, em 12 estados e mais de 90 pessoas foram presas.